إن من أهم التحديات التي تواجه واقع مناهج تدريس العلوم الشرعية هو تكوين طلبة على مستوى عال من التفكير الناقد، والذي به يمكن إيجاد بيئة علمية مفتوحة تسمح بتلاقح الأفكار وتقاربها، وتعمل على نقد فاعل للتراث دون الارتهان إليه والتعصب له، للبلوغ بالعلوم الشرعية مرتبة من التجديد والتفاعل مع الواقع دون المس بأساساته.
ومن أبرز الإشكالات التي تقف عائقا أمام هذه النقلة
المنهجية النوعية هي الحساسية تجاه جدلية النقل والعقل، فغدا طالب الشريعة متوجسا
من كل إعمالٍ للعقل في دائر العلوم الشرعية، فترى
التفكير والتمحيص والنقد في كل باب وفن، وما إن ترد أعتاب العلوم الدينية حتى
تُصَدَّ دونه الأبواب ليُترك المجال فسيحا للتقليد والتعصب والارتهان السلبي إلى
رجالات الماضي –وقد كان بعضهم على قدر عال من التفكير الناقد-، وهذه الجدلية مسألة
عميقة الأثر في النظرية الإسلامية للمعرفة.